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Text File  |  1995-03-04  |  4.4 KB  |  83 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, araC family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One  of these subfamilies groups together the following
  8. proteins [1,2]:
  9.  
  10.  - aadA, a Bacillus subtilis  bifunctional   protein  that   acts  both  as  a
  11.    transcriptional activator of the ada operon and as a methylphosphotriester-
  12.    DNA alkyltransferase.
  13.  - adiY, from Escherichia coli.
  14.  - appY, a protein  which  acts  as  a  transcriptional   activator  of   acid
  15.    phosphatase and other proteins during  the deceleration phase of growth and
  16.    acts as a repressor for other proteins that  are synthesized in exponential
  17.    growth or in the stationary phase.
  18.  - araC, the   arabinose operon   regulatory  protein,   which  activates  the
  19.    transcription of the araBAD genes.
  20.  - celD, the cel operon repressor.
  21.  - cfaD, a protein which is required for  the  expression of the CFA/I adhesin
  22.    of enterotoxigenic Escherichia coli.
  23.  - envY, the porin thermoregulatory  protein, which is involved in the control
  24.    of  the  temperature-dependent  expression  of  several   Escherichia  coli
  25.    envelope proteins such as ompF, ompC, and lamB.
  26.  - exsA, an activator of exoenzyme S synthesis in Pseudomonas aeruginosa.
  27.  - fapR, the positive activator for the expression of  the  987P operon coding
  28.    for the fimbrial protein in enterotoxigenic Escherichia coli.
  29.  - hrpB, a   positive  regulator   of  pathogenicity   genes  in  Burkholderia
  30.    solanacearum.
  31.  - marA,  which  may  be  a transcriptional activator of genes involved in the
  32.    multiple antibiotic resistance (mar) phenotype.
  33.  - melR, the  melibiose  operon  regulatory   protein,   which  activates  the
  34.    transcription of the melAB genes.
  35.  - mmsR, the transcriptional  activator  for  the mmsAB operon  in Pseudomonas
  36.    aeruginosa.
  37.  - msmR, the multiple  sugar  metabolism  operon  transcriptional activator in
  38.    Streptococcus mutans.
  39.  - pocR, a  Salmonella  typhimurium  regulator  of the  cobalamin biosynthesis
  40.    operon.
  41.  - rhaR, the L-rhamnose operon regulatory protein, a transcriptional activator.
  42.  - rhaS, a positive activator of genes required for rhamnose utilization.
  43.  - rns, a protein which is required for  the  expression  of  the  cs1 and cs2
  44.    adhesins of enterotoxigenic Escherichia coli.
  45.  - soxS, a protein that, with the soxR protein, controls a superoxide response
  46.    regulon in Escherichia coli.
  47.  - tetD, a protein from transposon TN10.
  48.  - tcpN or toxT, the Vibrio cholerae  transcriptional  activator  of  the  tcp
  49.    operon involved in plius biosynthesis and transport.
  50.  - ureR, the transcriptional activator of the plasmid-encoded urease operon in
  51.    Enterobacteriaceae.
  52.  - virF or lcrF, the Yersinia virulence regulon transcriptional activator.
  53.  - virF, the Shigella flexneri  transcriptional  factor  of  invasion  related
  54.    antigens ipaBCD.
  55.  - xylS, the xyl operon regulatory protein, a transcriptional activator of the
  56.    Pseudomonas putida tol plasmid xylDLEGF genes.
  57.  - yfeG, an Escherichia coli hypothetical protein.
  58.  - yidL, an Escherichia coli hypothetical protein.
  59.  - yijO, an Escherichia coli hypothetical protein.
  60.  
  61. Except for celD, all of these  proteins seem  to  be  positive transcriptional
  62. factors. Their size range from 107 (soxS) to 321 (xylS) residues.  The  helix-
  63. turn-helix motif  is  located in  the third quarter of each sequences; the  N-
  64. terminal and  central regions of  these proteins are presumed to interact with
  65. effector molecules and may be involved in dimerization as well. As a signature
  66. pattern we selected a conserved region which is located at the C-terminal part
  67. of the sequences, some 30 residues after the DNA-binding region.
  68.  
  69. -Consensus pattern: [LIV]-x(2)-[LIVMTA]-[GSA]-x(3)-[GNQ]-[IFY]-x(5)-[LF]-x(3)-
  70.                     [FY]-x(7)-P
  71. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  72. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  73.  
  74. -Expert(s) to contact by email: Ramos J.L.
  75.                                 jlramos@cnbvx3.cnb.uam.es
  76.  
  77. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  78.  
  79. [ 1] Gallegos M.-T., Michan C., Ramos J.L.
  80.      Nucleic Acids Res. 21:807-810(1993).
  81. [ 2] Henikoff S., Wallace J.C., Brown J.P.
  82.      Meth. Enzymol. 183:111-132(1990).
  83.